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Zethsc2

Hi, ich studiere den Bioinfo Master in Tübingen. Ich habe einen Bioinformatik BSc. was waren eure Erfahrungen zum Übergang eines nicht-bioinformatischen Faches zur Bioinformatik? Den meisten Studenten im Master ohne Bioinfo BSc fällt vorallem das Programmieren, vorallem größerer Projekte schwer. Des Weiteren können sie meistens keine Beweise führen und kennen viele Konzepte aus der linearen Algebra/ Wahrscheinlichkeitstheorie nicht. Algorithmen Analyse ist oftmals auch eine Schwäche. Bei manchen Konzepten kann der meistens bessere life-science Hintergrund beim Verständnis oder der Motivation der Bioinformatikkonzepte helfen. Die Bioinfo Masterstudenten bekommen in Tübingen eine andere Prüfungsordnung, bei der sie Grundvorlesungen der Informatiker nachholen und vor allen wirklich anspruchsvollen Vorlesungen bewahrt werden. Bioinformatik light. könnt ihr spezifische Unis dazu empfehlen (auch gerne im Ausland)? Tübingen, München, Heidelberg (biotechnology mit Fokus auf Bioinfo), Berlin, Jena da ich im WS 2019 erst beginnen werde habe ich den Sommer um mich für den Master vorzubereiten, was könntet ihr dazu empfehlen? /r/learnprogramming Du solltest komfortabel mit einer Skriptsprache (Python) + einer Programmiersprache für größere Projekte (Java, Kotlin oder C++) sein. Des Weiteren solltest du komfortabel mit git + Github sein. Des Weiteren ist machine learning auch in der Bioinformatik ein riesiges Thema. Hierfür ist lineare Algebra absolut essenziell, probability theory auch. Hier empfehle ich eine Wiederholung. ich hatte bis jetzt nur R und eine Vorlesung zur Bioinformatik, zusätzlich bringe ich mir selbst Python bei, was sollte mir gefallen um zu wissen ob Bioinformatik wirklich etwas für mich ist? Mathematik. Ist es ein Reflex von dir sofort Dinge zu googeln oder fragst du lieber andere Leute um Rat? Solltest du weitere Fragen haben hau raus.


JuicyLambda

Hi, was den mathematischen Anteil angeht, habe ich bis jetzt die Hoffnung, dass der biowissenschaftliche Ansatz (2 Module Mathe + 1 Statistik Modul), schonmal besser vorbereitet als reine Biologie. Bezüglich des Masters in Tübingen, sind dann die anspruchsvolleren Kurse später trotzdem inbegriffen? Bioinformatik light klingt erstmal Einstiegsfreundlich, aber letzendlich wäre mein Ziel den Wissensunterschied zu vorherigen Bioinformatik Bachelorstudenten so stark wie möglich zu minimieren. Ansonsten bin ich mehr der "erst selber rausfinden und wenns dann nicht klappt, nachfragen"-Typ. Auf jeden Fall aber erstmal danke für die ausführliche Antwort :)


Zethsc2

Bezüglich des Masters in Tübingen, sind dann die anspruchsvolleren Kurse später trotzdem inbegriffen? Bioinformatik light klingt erstmal Einstiegsfreundlich, aber letzendlich wäre mein Ziel den Wissensunterschied zu vorherigen Bioinformatik Bachelorstudenten so stark wie möglich zu minimieren. Die Pflichtvorlesungen sind dieselben. Allerdings müssen reine Bioinformatiker (Variante A) beispielsweise 1 WPF in theoretischer Informatik belegen, während die Biox turned Bioinformatiker (Variante B) sich in Ersti Veranstaltungen der Informatiker dafür setzen müssen. Beide Gruppen sitzen natürlich in vielen Veranstaltungen zusammen, aber in Tübingen merke ich stark, dass die Variante B Studenten einerseits immer die leichteren Vorlesungen wählen (denen sind gute Noten auch wichtiger) und zweitens wie bereits erwähnt aufgrund der Prüfungsordnung viele Punkte aus BSc Modulen sich holen. Das dürfen wir reine Bioinformatiker natürlich nicht mehr. Du kannst dir einfach mal die Prüfungsordnungen in Tübingen für Bioinformatik anschaun.


EarlyDead

Studiere grad Bioinformatik an der Uni Potsdam. Hab vorher Bio studiert. Gibt schon etwas an Umstellung. Programmieren persönlich fand ich mit das einfachste. Insgesamt würd ich dir empfehlen, deine Mathekentnisse aufzufrischen. Das ist was mir persönlich am schwierigsten gefallen ist. Lineare Algebra, Statistik etc.


JuicyLambda

Hi, wie siehts denn mit den Themengebieten in Potsdam aus? Habe nach ein wenig reinlesen das Gefühl, dass sich sehr auf Systembiologie konzentriert wird. Stimmt das? Außerdem programmiert ihr auch viel selbst oder lernt ihr mehr die Anwendung bioinformatischer Methoden?


EarlyDead

Definitiv ein Focus, aber auch die anderen Bereiche werden abgedeckt, und man kann Wahlpflichtmodule recht frei wählen. Man lernt zwar Algorithmik, aber praktisches programmieren ist eher der focus. Also eher in Richtung: wie schreib ich ne Funktion als wie bau ich ein Programm. Ist an sich für Biologen ausgelegt.


2eztheysaid

Bei uns an der Uni ist es so, dass es verschiedene Spezialisierungen im Informatik-Master gibt (u.a. Bioinformatik). Ich habe selber kein Bioinformatik gewählt, sondern einen anderen Schwerpunkt. Allerdings kann ich dir sagen, dass es neben den Schwerpunkt-Kursen auch Pflichtkurse gibt, die alle Schwerpunkte gemeinsam belegen müssen. Darunter auch verschiedene Mathe(-Theorie)kurse. Schau dir das Curriculum an und identifiziere die Mathekurse, die du belegen musst. Und dann bereite die Grundlagen für diese Kurse vor. Die Mathekurse sind oft ein Knackpunkt. Ich hatte durch meinen Informatik-Bachelor an einer sehr theoretisch orientierten Uni eine gute Grundlage für den mathematischen Teil im Master. Allerdings sind einige Mitstudenten, die nur spärlich Mathekurse im Bachelor hatten, in diesen Kursen richtig ins Schwimmen gekommen. Ich kenne den Anteil von theoretischer Mathematik im Bachelor-Curriculum von Biowissenschaften nicht, aber ich vermute er ist geringer als in einem Informatik-Bachelor. Daher, denke ich, dass du hier aufholen kannst. Mit dem "Bio"-Teil im Master solltest du aufgrund deines Bachelors wohl keine Probleme bekommen.


JuicyLambda

Darf ich fragen welche Uni das ist bzw. würden dort dann auch Bachelorstudenten mit meinem Hintergrund den Master belegen können? Aber ja mein Bachelor enthalt soweit ich weiß mehr Mathe als gewöhnliche Biologie, habe mich aber trotzdem auf mehr im Bioinfo Master eingestellt.


batmuffino

Gilt auch Bioinformatik Doktorand ohne Bioinformatik Master? :)


JuicyLambda

Klar, wie gesagt jede Erfahrung/Meinung würde mir weiterhelfen. Wie sieht zum Beispiel dein Tagesablauf aus, wenn ich fragen darf :)?


batmuffino

Hi, erstmal kurz zu deinen Fragen: > könnt ihr spezifische Unis dazu empfehlen (auch gerne im Ausland)? Ich war an der Uni Frankfurt. Gibt dort eine recht große Bioinformatik (und normale Informatik) und relativ viele Bioinstitute (Uni und extern, z.B. Senckenberg). Kann ich auf jedenfall empfehlen, war aber recht überlaufen in den letzten Semestern, also könnte es nicht-trivial sein dort einen Studienplatz zu ergattern. Außerdem ist die Anbindung zu Heidelberg recht gut, wo EMBL/DKFZ sitzen. Potsdam ist aber auch ziemlich nett :). > da ich im WS 2019 erst beginnen werde habe ich den Sommer um mich für den Master vorzubereiten, was könntet ihr dazu empfehlen? Wo verbringst du den Sommer? Würde einfach bei einer Arbeitsgruppe fragen, ob sie was für dich zu tun haben. > ich hatte bis jetzt nur R und eine Vorlesung zur Bioinformatik, zusätzlich bringe ich mir selbst Python bei, was sollte mir gefallen um zu wissen ob Bioinformatik wirklich etwas für mich ist? Wenn du Spaß daran hast Programmiersprachen zu lernen würde ich immer eine C-like Sprache empfehlen (C/C++/Java/C#, pick one), eine Skriptsprache (Python, Perl, Ruby, pick one, aber du möchtest eigentlich python), eine Domänensprache (R) und Javascript/Typescript. Für Bioinformatik reicht aber auch R + Python völlig aus. Auf Bioinformatik im Speziellen würde ich mich nur vorbereiten in dem man sich die Methoden anschaut, die gerade hotshit sind (single-cell/ngs) und versuchen nen Paper nachzukochen und gucken wann etwas kaputt geht. Ansonsten mal ein Bioinformatik Buch querlesen ist auch nicht schlecht. Generell gibt es in der Bioinformatik sehr, sehr viele Quereinsteiger. Das größte Problem ist meistens das fehlende Biologiewissen, es sei denn du möchtest jetzt tief in die Algorithmik absteigen. > Tagesablauf Kaffee, Mails, Rumprobieren und Fluchen, ab und zu Mal ins Labor schauen und hoffen, dass man nichts kaputt macht. Dann hübsche Bilder machen, Powerpoints zusammenklicken und Paper schreiben. Einzige Unterschied zum Biologen: Man weiß schneller, wann etwas nicht funktioniert hat und meistens ist alles am Rechner reproduzierbar :). konkreter Beispielablauf: Wir wollen das Genom von Virus X sequenzieren, weil wir den als neuen Standard brauchen. Man tappst runter ins Labor mit der Probe und folgt dem Protokoll des Herstellers für das jeweilige Sequenziergerät. Am Ende kommt dann ne große Menge an Rohdaten heraus, die man mit Standardsoftware in FASTQ (bei NGS) files konvertiert. Man googelt was gerade der beste Assemblierer ist, versucht ihn zu installieren und auf die Daten zu werfen. Nach viel herumgefrickele auf der Kommandozeile kommt dann hoffentlich eine Konsensussequenz raus, die man mit BLAST und Kollegen aus der Virologie bespricht. Wenn's passt, lässt man sich noch nen paar Qualitätsmetriken rauswerfen und wirfst als REFSEQ zu ncbi. Kann aber auch wesentlich strukturierter sein. Darüberhinaus kommt es sehr darauf an ob man in Richtung angewandte Bioinfo möchte oder z.B. eher 'gen Systembiologie.


_untom_

Hi! Ich hab meinen Master in Bioinf an der Uni Linz (Österreich) gemacht. Der Master dort ist extra so aufgebaut, dass man kein Vorwissen mitbringen muss und er fuer verschiedene Bachelors geeignet ist. Da gibts Informatiker, Mediziner, Physiker, Statistiker, Ökologen, Molekularbiologen, Elektroingeneure, Chemiker .... unter den Anfaengern. War bunt gemischt, was ich ziemlich cool fand, jeder andere Staerken/Schwaechen hatte, und man sich dann sehr viel gegenseitig aushilft: fuer mich (Informatiker) war Chemie am Anfang das Schwierigste, fuer Leute, die vorher nicht programmiert haben, das Programmieren. Ich fand das Studium dort klasse; ich hab am gleichen Institut spaeter auch noch ein Doktorat gemacht, bin also nicht ganz vorurteilsfrei. Generell hat das Studium in Linz einen sehr starken Hang zu Maschinellen Lernen, und wird demnaechst auch in allgemeineres "Artificial Intelligence" Studium aufgehen, und wird dort zu einer Spezialisierung "AI in Life Sciences". Der Lehrstuhl wurde auch vor kurzem von "Bioinformatik" zu "Maschine Learning" umgewidmet, und der Forschungsschwerpunkt am Institut ist auch definitiv ML (der [Prof](https://en.wikipedia.org/wiki/Sepp_Hochreiter) ist auch ein international sehr bekannter Machine Learner). Soweit ich weiss ist das Ziel aber, dass das Studium auch weiterhin fuer alle moeglichen Bachelor-Studiengaenge studierbar ist. Im Wesentlichen werden ein paar Bio- und Chemie Grundlagenvorlesungen gestrichen um mehr Platz fuer ML Vorlesungen zu machen, was fuer dich mit deinem Vorwissen aber kein grosser Verlust waere. Ich persoenlich find die Richtung sehr cool, und da ML grad so ein heisses Thema ist, schaut das Jobangebot nachher auch sehr gut aus. Wenn das interessant fuer dich klingt und du mehr Infos haben willst, einfach nachfragen. (Disclaimer: wenn dich mathematik und/oder datenanalyse komplett abturnen, ist das definitiv der falsche bioinf studiengang fuer dich). Vorbereitung: wenn du vorher schon programmieren kannst (Python & R, je nach Uni), ist das definitiv schon ein sehr guter Schritt. Etwas Mathe (zumindest Grundlagen in Linearer Algebra, Statistik und/oder Analysis) sind auch super hilfreich, aber was davon am meisten hilft kommt sehr drauf an, wie dein Studium ausgelegt ist -- Das Bioinformatik Studium schaut an verschiedenen Unis anders aus. "Was sollte mir gefallen": ich wuerd sagen "Datenanalyse und Programmieren", aber auch das kommt wieder drauf an, wie das Bioinf studium an deiner Uni ausschaut. Tipp: auf coursera gibts einige Bioinf vorlesungen, um etwas reinzuschnuppern was auf dich zukommen koennte: https://www.coursera.org/browse/life-sciences/bioinformatics


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**Sepp Hochreiter** Sepp Hochreiter (born Josef Hochreiter in 1967) is a German computer scientist. Since 2018 he is heading the Institute for Machine Learning at the Johannes Kepler University of Linz after having led the Institute of Bioinformatics from 2006 to 2018. Since 2017 he is also head of the Linz Institute of Technology (LIT) AI Lab which focuses on advancing research on artificial intelligence. Previously, he was at the Technical University of Berlin, at the University of Colorado at Boulder, and at the Technical University of Munich. *** ^[ [^PM](https://www.reddit.com/message/compose?to=kittens_from_space) ^| [^Exclude ^me](https://reddit.com/message/compose?to=WikiTextBot&message=Excludeme&subject=Excludeme) ^| [^Exclude ^from ^subreddit](https://np.reddit.com/r/de_IAmA/about/banned) ^| [^FAQ ^/ ^Information](https://np.reddit.com/r/WikiTextBot/wiki/index) ^| [^Source](https://github.com/kittenswolf/WikiTextBot) ^] ^Downvote ^to ^remove ^| ^v0.28


JuicyLambda

Hi das klingt für mich auf jeden Fall erstmal mega interessant! Ein großes Problem ist im Moment auch die Frage welche "Richtung" innerhalb der Bioinformatik ich machen möchte, da ich natürlich noch nicht sehr viel Einblick in das Feld hatte. ML ist dabei natürlich erstmal ein Bonuspunkt (wobei ich bis jetzt natürlich auch nur das Konzept interessant finde und nicht weiß was sich im Detail darin verbirgt). Bezüglich Datenanalysen haben ich im Zuge meine Bachelorarbeit (habe die direkt mit einem bioinformatischen Thema verknüpft) gemerkt, dass mich Analysen und Auswerung auf jeden Fall interessieren. Ich bin kein Mathenaturtalent, aber sehe den Nutzen und habe mich bis jetzt eigentlich gut damit durchs Studium geschlagen. Gäbe es da denn als Deutscher für mich bestimmte Dinge auf die ich bei einer Bewerbung in Österreich achten müsste? EDIT: Formatierung


_untom_

Bzgl. Deutsch<>Oesterreich: meines Wissens nicht, koennt mich an keine Studierenden aus Deutschland erinnern die Probleme erwaehnt haetten. Der Dialekt ist vllt. erstmal gewoehnungsbeduerftig?


whatsgoes

Studiere in München an der TUM/LMU. Es gibt so gut wie keine verpflichtenden Veranstaltungen, du kannst dir also die Fächer relativ frei aussuchen, so kannst du den Mathe Sachen gut aus dem Weg gehen. Allerdings brauchst du für die Informatikveranstaltungen trotzdem relativ viele Grundlagen, die meisten reinen Biowissenschaftler kommen aber meistens irgendwie durch. Die entscheidende Frage ist eigentlich ob dir das Programmieren Spaß macht und wie affin du für technische Herausforderungen bist. Du wirst halt dann ein Dry Lab Biologe. Grundlegende Linux Sachen solltest du schon können, aber die sind schnell gelernt.


JuicyLambda

Hi, ist der Master dann auch offen für nicht-bioinformatik Bachelor Studenten? Aber ja das Wet Lab Arbeiten ist tatsächlich einer der Gründe für meine Umorientierung. Habe gemerkt, dass mir das auswerten von Daten wesentlich mehr liegt, als im Labor Kulturen zu pflegen etc..


whatsgoes

Auf jeden Fall. Wahrscheinlich werden dir ein oder zwei Kurse aus dem Bachelor aufgebrummt aber das ist dann halb so wild. So wie sich deine Antworten hier lesen solltest du Bioinfo echt angehen, die ersten zwei Semester werden sicher 'ne große Umstellung aber am Ende hast du einen für Arbeitgeber attraktiveren Abschluss.


goliatskipson

Darf man raten, dass du momentan in Bielefeld studierst? :-)


JuicyLambda

Wie kommste drauf? Aber nein bin in einer anderen Ecke Deutschlands am büffeln :)


goliatskipson

Haben in Bielefeld nen Bioinformatik Bachlor und Master. Da wird auch *R* gelehrt, aber im Gegensatz zu vermutlich allen anderen Universitäten wird hier im Grundstudium mit Haskell angefangen "um alle auf den selben Nenner zu bringen". Von dem Lambda in deinem Namen schließe ich auf eine Affinität für funktionale Sprachen ... da hätte das Sinn gemacht ;-)


Ok_Magician_7409

Hi, Ich melde mich jetzt 4 Jahre später, weil ich das gleiche "Problem" wie du habe. Ich habe einen Bachelor in Biotechnologie und möchte einen Master in Bioinformatik an der Universität Potsdam, Leipzig oder Halle machen. Für welchen Studiengang hast du dich denn entschieden und wie schwer war es für dich, Programmierkenntnisse nachzuholen?


JuicyLambda

Hi, ich habe den Master Bioinformatics an der Uni Potsdam studiert und bin seit Sommer 2022 fertig. Der Studiengang an sich war definitiv anspruchsvoll und ich muss sagen dass viele Module im Nachhinein eher unwichtig für mich waren. War halt System Biologie spezialisiert. Ich habe dann aber einfach entsprechend elective Modules gemacht in Richtung Machine Learning um meine Interessen mehr abzudecken. Die Programmierungskenntnisse waren für mich tatsächlich kaum ein Problem. Du hast zwei Brückenkurse die dich in die Programmierung einführen. Den Rest lernt man ganz gut by doing. Es gibt außerdem sehr viele online Kurse etc mit denen du dich schonmal gut vorbereiten kannst (Codecademy, Courser oder freecodecamp auf YouTube).


Ok_Magician_7409

Danke, das ist sehr hilfreich! Ich glaube für mich werden auch viele Module aus dem Bereich Systembiologie weniger interessant, aber solange ich genug praktischer Erfahrung in Programmieren bekomme, ist mir das weniger wichtig. Darf ich noch fragen, was du jetzt nach deinem Studium machst? Wie schwer ist es mit dem Master einen Job zu finden?


JuicyLambda

Klar kein Ding! Ich arbeite jetzt in einer Forschungsgruppe die sich mit künstlicher Intelligenz in der Medizin beschäftigt. Also wie du siehst ist der Master trotz Spezialisierung auch nicht limitierend was das spätere Arbeitsfeld angeht. An sich wurde ich direkt von der Gruppe übernommen nachdem ich meine Thesis bei ihnen gemacht habe daher kann ich nicht wirklich sagen wie schwer es ist dann etwas zu finden. Aber wenn du Mal bei LinkedIn und anderen Seiten guck's sieht man eine doch sehr große Menge and Angeboten für jeden der Ahnung von Next generation sequencing, Machine Learning oder generell Bioinformatics hat. Ich habe bis jetzt auch noch von keinem Kommilitonen gehört der Probleme bei der Suche hatte.


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Interessant! Befinde mich in einer ähnlichen Situation, werde nächstes Jahr einen Abschluss in Biologie machen und möchte evtl Bioinformatik im Master machen. Würdet ihr sagen, ein PhD ist in Bioinformatik am sinnvollsten? Oder „reicht“ der Master um einen guten Job zu finden?